微生物包括細菌、藻類、真菌及其芽孢、孢子和病毒等，微生物在水中含量非常巨大，合適條件下可以在反滲透膜表面大量新陳代謝，形成微生物膜。在反滲透膜的各種污染中，微生物污染是最為嚴重的，具有如下特點：

1、微生物生長迅速，一旦膜表面出現(xiàn)細菌群落，很快會生成粘泥膜，造成系統(tǒng)進水壓力升高、壓差增大、產(chǎn)水量降低。一般首支膜污染較嚴重，膜面及流道污染會同時發(fā)生。

2、微生物污染清洗困難，生物粘泥膜不溶于酸，難溶于堿，即使頻繁沖洗也不能被去除。

目前防止反滲透膜微生物污染的方法主要靠預處理階段降低可生化性有機物及殺菌。常規(guī)的殺菌方法包括加氯或次氯酸鹽、臭氧、紫外線等。也可利用DBNPA或異噻磋啉酮等非氧化性殺菌劑對反滲透系統(tǒng)進行沖擊式殺菌。當反滲透系統(tǒng)發(fā)生微生物污染后，要及時進行殺菌以及化學清洗，防止微生物大量繁殖。為防止微生物產(chǎn)生抗藥性，要不定期改變殺菌劑種類以及殺菌方式。